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进化树

Tag: genomics
2017-02-05

进化树

定义

  • 系统发生树又称演化树或进化树，是表明被认为具有共同祖先的各物种间演化关系的树状图。是一种亲缘分支分类方法（cladogram）。在图中，每个节点代表其各分支的最近共同祖先，而节点间的线段长度对应演化距离（如估计的演化时间）。

建树步骤

  • 1、多序列比对
  • 2、选择建树算法构建进化树
  • 3、进化树构建结果的评估

多序列比对软件

  • clustwal。也可用命令行形式：clustalo -i input.fa -o input.align.fa
  • MEGA

构建算法

  • 近邻结合法 neighbor-joining (NJ)
  • 最大简约法 maximum parsimony (MP)
  • 最大似然估计 maximum likelihood (ML)
  • 贝叶斯法 Bayesian

软件

  • Phylip、MrBayes、Simple Phylogeny

进化树含义

这里有两张图解释了进化树的各含义，可以参考一下。

主要的几点如下：

  • 根节点：所有物种（序列）的共同祖先（下图中酒红色的点）
  • 节点：分类单元（下图中蓝色的点和绿色的点）
  • 进化支：>=2个物种（序列）及其祖先组成的分支
  • 距离标尺：进化树的比例尺，序列的差异度的大小，比如下图是0.07
  • 分支长度：节点之间或者节点与祖先之间的累计支长，越小则差异越小
  • 自展值：表征可信度的，因为建树的过程需要通过bootstrap方法重复多次，一般小于50%（0.5）的会被认为不可靠

参考


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